Подскажите можно ли продлить 90 дневный срок пребывания в Эквадоре? Паспорт РФ.

Нет.

Суть не в этом Эквадор считает 90 дней в рамках 180 начиная с первого дня приезда.

По поводу продления пребывания тут написали всё правильно. Россиянам не продляют в соответствии с двухсторонним соглашением, которое легко находится на сайте нашего МИДа. Добавить хочу вот что. Если вы планируете снова въезжать спустя 3 месяца, то есть с началом следующих 180 дней, заготовьте заранее это соглашение, например в распечатанном виде на испанском, или на телефоне сохраните. Так как бывают случаи (особенно на наземной границе, между Перу и Эквадором к примеру), что пограничники не в курсе и отказываются пускать до начала следующего года. Ну они полагают, что если нет продления (prórroga), то 90 дней в году. Надо им доказывать, что для РФ другая ситуация.