Фамилия в загранпаспорте РФ отличается от написания в паспорте Молдовы на три буквы. Подскажите, как и где поменять что бы было одинаково?

Если очень хочется, то начинайте с внесения изменений и последующей замены свидетельства о рождении. Но помните, замена внесение изменений и замена СоР влечёт за собой изменение и остальных документов.

При оформлении очередного загранпаспорта РФ можете заявить о желаемой транскрипции, приложив копию загранпаспорта MD. Сделают как в нём. Ничего больше менять не нужно.

Зависит от того где вам больше придется переделывать документов. В самом простом случае проще переделать написание в российском загране когда будете новый получать. Если у вас именно на написание как в российском паспорте много чего оформлено (виды на жительство, имущество в других странах, финансы) а в молдове ничего нет, то в молдавских документах тоже можно изменить написание, но это куда более сложная процедура. Нужно обязательно лично в молдове подать заявление с приложением обоснований. Его будет рассматривать комиссия. Если решение положительное - переделывать в ЗАГС все свидетельства о рождении, браках, детей и только потом булетин и загран на новую фамилию.