Подскажите, если брать билеты на самолет из Вильнюса в Европу, то есть ли разница на какой паспорт РФ или Молдавский ?

Дак ответ очевиден же) если есть не русский паспорт - брать на него.

Когда будете покупать билет, паспорт не потребуется ( Ryanair, Wizzair), а при регистрации будете вводить паспорт MD.