При возвращении в Россию из Израиля был какой-то особый контроль со стороны российских пограничников?

Нет.

У меня лишь пытались выяснить где я была, потому что печать о вылете из России есть , а о прилете в другую страну нет)

Нет, но сейчас даже по зелёному коридору просто не пройти, просят чемодан положить для сканирования. Спрашивают сколько денег привезли доллары/шекели. Но это не касается только Израиля, в этом году была в разных странах, каждый раз такое.

Вчера вернулись. Ни одного вопроса не задали нигде.