Подскажите при покупке авиабилетов со стамбула до Торонто нужно ли будет указывать визу?

Нет, визу проверят в Стамбуле на регистрации.

При регистрации, а потом еще раз при посадке.

Указывать не нужно. Ее проверять на паспортном контроле и регистрации.