Ребенку 3 года, мы репатриируемся в этом году в Израиль, на момент проживания в Израиле 3 года ей будет 6 лет, она становится гражданином без ТЗ? но даркон или тм получить может?

Нет даркона не будет пока не получит гражданство.

С алеф 5 она не гражданка Израиля.

Вам пытаются объяснить, что после 3 лет проживания и соблюдения требований Алеф 5 она не "становится " гражданином Израиля. А родители получают право подать заявление на получение гражданства ребёнку. И только при получении положительного решения, она становится гражданином. А уже потом, как гражданин, может получить загранпаспорт и при достижении ~16 лет внутренний паспорт (аналогично как и в России : загранпаспорт в любом возрасте, а внутренний с 14 лет).

В целом, да. После 3х лет проживания в Израиля с момента репатриации вы подаете прошение на получение дочерью гражданства. В случае его одобрения, она сможет получить теудат маавр или даркон. Физический теудат зеут получит в 16 лет. До 16 лет дочь будет вписана в ваш теудат зеут. ID теудат зеута она получит при первом получении алеф 5 и он останется неизменным. Есть ещё ньюансы.

Ищите «Определение статуса несовершеннолетних, не имеющих права на репатриацию, прибывших в сопровождении родителей – обладателей визы репатрианта»