Подскажите, пожалуйста. Влияет ли окончание школы экстерном ( 10-11 класс за один год) и средний балл аттестата на поступление в австрийский вуз?

Экстернат никак не влияет. После первого курса возьмёте справку из вуза по предметам и сданным дисциплинам. При зачислении на выбранную Вами специальность будет учитываться академическая разница, поэтому Вам нужен документ о прослушанных часах и сданных предметах ну и апостиль на аттестат.. хотя в венский главный можно без апостиля.