Подавался ли кто-то, имея мальтийский ID на шенгенскую визу?

Виза - это въездной документ, а Вы уже здесь. Так что, думаю, нет.

Общался с посольство Германии. Они не верно меня поняли (не в этом был вопрос), но ответ был, что визы типа C внутри Шенгена не выдаются.

Можете рассмотреть номадские визы в Венгрию (на год выдаются, и вроде как на второй год можно продлить), или Испанию, если доход позволяет везде свои нюансы, но турвизы точно не выдают на территории шенгена)

У моего коллеги тот же вопрос был. Увы, пока решения он нашёл, т. к. многие посольства предлагают только сперва вернуться в свою страну и подаваться там. Дико, но как есть. Я бы тоже предпочёл иметь каких 90-180 дней в запасе хотя бы на туристические цели. Особенно, если учесть, что КЕИ даёт 10 дней.