Если мы оформили визу (3мес) с прилетом в Ханой - то мы только туда и должны лететь? В другой город нельзя прилетать?

в евизе даже не ставят город прилета(allowed to entry through...), а раньше ставили. Думаю это не так важно теперь.

Были успешные случаи прилета в другой аэропорт, можете не переживать. Только не забудьте показать визу на паспортном контроле.