Через пару дней прибываю на Сейшельские острова на парусном судне с Мальдив. Нужно ли мне заполнять e-border, или регистрация происходит по факту прибытия в порт?

Вообще пишут не надо

Можно попробовать заполнить, но скорее всего не получите кр код, в связи с тем, что вы пересекаете морскую границу. Поэтому делайте как обычно, приходите в порт, дальше миграционка и таможня. Это займет некоторое время, так как Сейшильцы не быстрые ребята. Для тех кто приходит морем этот метод более правильный.