Подскажите пожалуйста, можно с Маргариты до Коче добраться самостоятельно?

Можно. Надо с местными договариваться. Рыбаки возят на своих лодках. С человека 20-25 долларов берут. Всё в том же месте - где туристов транспортируют на паромах - если их можно так назвать).