Если летим Аэрофлотом, нужно ли делать электронную регистрацию для въезда на острова (платная которая) или это уже включено в цену у них?

Обязательно нужно ! Только она бесплатная для АФ.

Оплата включена, но само разрешение получать нужно. Просто ничего не платите за него, прикладывая билеты.