Кто-нибудь прилетал на Самуи единым билетом с пересадкой в БКК? Где проходили границу? Вариант пройти паспортный контроль в БКК в общем режиме, и потом уже самостоятельно пройти на местный рейс при этом не забирая багаж?

Да делали так люди. Паспортный через общую линию, а не ту которая справа для островов и других городов.

Мы так летали, все было норм и никаких вопросов. Багаж они сами перенесли на следующий рейс утром, переночевали в отеле. Ну если багаж зарегают до Самуи, конечно, а это не у всех а/к возможно.