Скажите пожалуйста какие актуальные наказания за превышение срока пребывания (90 дней) в Молдове, кроме запрета на въезд? Какие примерно штрафы?

Штраф от 600 до 1500 леев.

Нарушение миграционных законов одной страны может автоматически повлечь проблемы с визами/внж при подаче в других странах в будущем. Особенно если вам в паспорт влепят какой-то депорт.