Подскажите, пожалуйста, где в Вильнюсе можно провести несколько часов в спокойной обстановке днем (после ночного рейса) в ожидании поезда?

Любая гостиница.

Если ночью. прилетаете, можно забронировать сутки накануне, а потом доплатить за поздний выезд по договорённости... я так делала, при наличии мест обычно соглашаются.