Билеты Москва-Чернышевское оформлены на загранпаспорт РФ, есть еще паспорт РМ, при въезде и выезде из Литвы показывать какой паспорт? И если билет куплен на паспорт РФ в Литве посадят на поезд?

Билет покупаете на паспорт РФ, пограничникам Литвы для выхода показываете паспорт РМ.

Из Литвы показывает РМ Беларусам показывает загран РФ.

Оба. Они все равно знают про все ваши паспорта и выберут тот, который им нужен. При мне пограничники спрашивали мужчину про паспорт совершенно третей страны, который был у него уже много лет недействительным.