При перелёте Стамбул-Афины-Ларнака по единому билету AEGEAN при наличии кипрской визы не возникнут проблемы (паспорт РФ)?

Не возникнут по единому, летала и туда и обратно таким путем. Всё гладко. Паспорт РФ, шенгена нет, кипрский пинкслип есть. Там транзит сразу как зайдете в здание аэропорта после самолета (ещё раз проверят паспорт/визу, просветят вещи)

Не возникнут. Даже при срыве стыковки по вине авиакомпании - там рейсов много. А вот в других аэропортах даже при едином билете - могут. Пример: первый рейс задержали, стыковка слетела. Следующий рейс через день, а аэропорт на ночь закрывают.