Если у меня билеты в Литву на поезд на один загран куплены, а предъявлять пограничникам я буду другой, можно ли так? Оба действительные заграны РФ.

Ну вот и узнаем, билет же все равно куплен.

Можно.

Погранцам всё равно, они не смотрят, на какой паспорт оформлен билет. А вот при посадке на поезд могут попросить показать именно тот документ, на который был оформлен билет. То есть, ехать тогда надо с обоими паспортами.

Насколько я знаю, проводники смотрят номера документов. Лучше уточните непосредственно в РЖД.