Подскажите пожалуйста, если после сабмита документов на PR по EE выезжал/въезжал из/в Канады, нужно ли через веб форму или еще как то уведомлять об этом?

Нет, не нужно. Только если вы поменяете свое положение с inland на outland или наоборот - нужно, чтобы правильный лендинг сделать (если inland - то онлайн, если outland, то как обычно, с вклейкой визы в паспорт и бумажным CoPR).