Если из рф выехать по рф паспорту, а обратно заехать по молдавскому , можно ли так делать?

Выезжать и въезжать необходимо с паспортом РФ (если гражданин РФ), но были случаи искажения фамилии/имени - въезжали по паспорту МД. Но это непредсказуемые риски.

Нет так нельзя. В РФ только по РФ паспорту.