Подскажите, могут ли быть проблемы с проживанием в одном номере меня и мужа если у нас разные фамилии?

Никаких проблем вообще, если вы оба не иранцы.

Или хотя бы один из вас не иранец.

Мы с братом (под разными фамилиями) в 3-х отелях жили, никаких проблем!