Если подали документы на репатриацию в Израиль с женой , а приеду на консульскую проверку без жены, Сложностей не будет?! Я смогу получить документы на себя ?

Обязательно нужно быть всем, кто подал прошение о визе репатрианта (Возможно ошибаюсь)

Если корни ваши и жена не планирует получать визу, то почему нет. но стоит предупредить консульство об изменении состава.

Скорее всего не пройдёте КП. Нужно заранее сообщать в переписке с Нативом о том, что кого-то не будет из подававших.