Подскажите пожалуйста если Церковь, которая работает, в Баку ?

Есть всякие разные, православные, католические, лютеранские….

Загуглите у дяди Гугла, у вас будут минимум 3 варианта. Ближе к центру церковь Архангела Михаила и собор Рождества Богородицы.

Есть в районе метро 28 мая, чуть выше, надо пройти за метро.

Да есть, в центре города.