Подскажите пожалуйста, есть ли автобусы/маршрутки из Ферганы/Маргилана в Наманган, и откуда они ходят?

Вряд ли найдете. Лучше на такси, недорого и в любое время суток. Можно и на поезде и на самолёте, но там бронировать заранее желательно.