Если образование супруга (вагончика) получено не в Канаде и оценку ВЭС не делали (баллы не требуем за это),то в профиле ЕЕ перед сабмитом этот пункт лучше удалить или как лучше поступить?

Если оценку не делали- балов не дадут. Так что это ни на что не влияет.

Можете оставить учебу в персонал хистори, а в education ничего не указывать. Если укажете в education, то поставите вы галочку напротив ECA или нет, все равно вылезет поле для загрузки диплома. Если это вас устроит, туда можно просто приложить LoE "баллов не просим, поэтому ничего сюда не кладем".