Если у мамы «мусульманская» национальность ( что очевидно по фамилии/имени), то мне не светит гражданство по отцу ( он еврей)? Действительно могут быть проблемы из-за этого или это бред?

Чушь! Если вы не делаете акцент на религиозности, и в повседневной жизни на вас "влияние мусульманской национальности" никак не сказываеться - то и консулу на это будет, вообщем то, все равно... Я уже не говорю про то, что мой друг детства и одноклассник, так же формально являясь мусульманином, приехал сюда с женой (она еврейка) и двумя детьми: никто и бровью не повел, и никаких проблем не было)))

Даже не берите в голову, это чушь полная. Вы сын еврея, и национальность матери при этом не важна.