Подскажите пожалуйста, можно ли по платной дороге из Убуда в Нуса Дуа проехать?

Можно.

Платной дороги будет 3% от всего маршрута.

Навигатор глючить может, вы же видите как платная дорога идёт, вот и езжайте.

В навигаторах в настройках обычно есть галочка - избегать или не избегать платные дороги. думаю что эта галочка у вас не включена.