Приехала в Колумбию в середине мая, через полтора месяца на неделю выехала на Кубу И я так понимаю, повторный въезд в страну считается визараном и идут вторые 90 дней туристического пребывания?

Да или опять выехать. И вернуться.

Чтоб визу за день, надо ногами в Миграсьон, записавшись перед. На номаде не проверял. Английский не знают.

Вам должны были прислать сообщение на почту, что срок рассмотрения номада месяц Если отказ - то 14 (вроде) дней дают на выезд из страны. Пока рассматривают заявку, вы можете легально в стране находиться. Но лучше уточнить в миграсьон. Тут часто на словах и бумаге одно, а на деле другое.