Подскажите в каком районе Боготы лучше остановиться на пару дней , и как лучше добраться с Боготы до Медельина , есть какой то автобус или коллективное такси?

На 2 дня в любом. Автобус есть.

El Chico, Chapinero Alto, ещё один. Смотреть тут нечего везде. Автобусы хорошо ищутся поисковиками. Самолёт туда есть.

Pinbus но в кассе дешевле билеты стоят. я использую просто как расписание и примерные цены. от указанной можно отнимать пару долларов.

Между городами большое расстояние. На автобусе вы будете долго очень ехать. Я бы рассмотрела вариант перелета. На машине сейчас показывает больше 8 часов. Автобус ~10 выйдет.