С Еревана в Кишинев на мда паспорте и обратно получается проблем не должно быть? Билеты с Еревана.

Билет лучше единый, покупаете его на любой паспорт РФ или РМ. Пограничникам РФ показываете внутренний паспорт РФ, в Молдове паспорт РМ и все.