Подскажите, пожалуйста, есть ли проблемы с обменом 100 долларовых купюр 2006 года на Пхукете?

Никаких, купюры в идеале должны быть.

Могут не принят с печатью, но пойти в другой обменник и там обменять.

На Кароне ни на одном обменнике не видела информации по особенному курсу.