Первые 90 дней нахождения на Кипре это начиная с момента въезда ? Или с момента, когда выдали визу? Спасибо.

С момента въезда на Кипр, но не более даты действия вашей визы.

И не больше общего 90/180, если вы недавно были по другой "туристической" визе.