Ребёнок родился в Молдове и через несколько лет переехали с семьёй в РФ, где оформили ему свидетельство о рождении РФ ( родители – граждане РФ и МД).

Вот смотрите, что что АГУ, даже если примет это свидетельство о рождении, будет делать запрос в ЗАГС РФ для уточнения содержание актовой записи о его рождении. Так ещё, от его фактического места рождения зависит то, по какому пункту статьи 12 Закона о гражданстве Молдовы ему нужно оформлять гражданство - или пункт 1, или пункт 2, а может там вообще будет определение принадлежности к гражданству.