Если после репатриации в Израиль израильтянин открывает счет на Кипре и выводит туда деньги из России по свифту, то что там с налогами происходит?

Ничего не должно происходить, если это новый репатриант. На след год после получения Кипром денег, его налоговая сообщит в израильскую налоговую о счете и движение денег по нему. Если вы находясь в Израиле пополняете кипрский счет, то налоговая Израиля попросит объяснить пополнение счета. Если это пассивный доход, например, от депозита, или акций, то до 10 лет у новых репатриантов нет уплаты налога на этот доход. Если же это доход от работы, удалённо например , то вы должны его декларировать и платить налог в Израиле. Почитайте про CRS. Формально, вы имеете право иметь счета и хранить деньги в любой стране.