Если я еду в Молдову подавать документы на гражданство + к родственникам, это достаточные основания для въезда? Или не стоит про гражданство вообще говорить .

Если вы едете подавать на гражданство значит у вас есть основания, так? Раз есть основания значит на этих основаниях и пропустят на границе.

Должны пропустить. И гражданство сделайте обязательно, никаких проблем потом не будет. Но по прилету будьте готовы посидеть часик, а то и больше в специальном зале, там таких как вы будет человек 30, а то и больше, они чуть ли не каждого не гражданина РМ и ЕС туда припровождают, забирают доки и что-то проверяют.