У меня два паспорта, России и Молдовы. Собираюсь лететь в Мадрид через Марокко. Какие действия с паспортом, Москва - вылет (Россия), Марокко -пересадка (Молдова), Мадрид - прилёт (Молдова)?

На выезде из россии показываете российский паспорт, далее везде молдавский.

Если в Марокко собираетесь проходить паспортный контроль, то там показывайте российский, ибо с молдавским нужна будет марокканская виза. В Мадриде уже молдавский.