Совсем не давно начал собирать документы на репатриацию в Израиль , появился такой вопрос, моя бабушка еврейка, ее сын - мой отец не состоял в браке с моей матерью, могут ли возникнуть сложности с этим?

Могут.

Возникнут.

Хорошо бы, чтобы было свидетельство об установлении отцовства.

Добрый день. К Вашему СОР лучше взять справку с иными сведениями, будет хорошо, если там указано, что он заявлял о рождении. Плюс косвенные доказательства Вашей с отцом связи, что мама не просто так отцом его из головы записала. Может быть выписку из домовой книги, личные дела с работы, учебы, где он указывает Вас, как своего сына.