Для подачи на визу С и последующую D требуют «выписку о движении средств за 12 месяцев». Насколько критична выписка с остатком превышающим сумму для моего пребывания, но движений по нему за 12 месяцев будет всего 2-3.

Ну и что в этом плохого? Деньги лежат, Вы их не тратите;))

При подаче на визу С это вообще не проблема. Если же выписку с движением вдруг запросят как доп. документ для подачи на ВНЖ по номаду, то да, могут поинтересоваться, почему движение по счету не соответствует ежемесячной зарплате согласно условиям трудового договора. Но такие доп. запросы, на самом деле, более распространены не при первичной подаче, а при продлении ВНЖ и со стороны миграционок лишь в некоторых городах.