Если срок годового даркона истекает 14 марта, то по нему можно вылететь из Израиля в ЕС до 14 декабря свободно (три месяца до окончания его срока), правильно? Если возвращаться после этой даты, допустим, в январе, не будет ли проблем с вылетом из ЕС?

Не будет. Летом вьезал в эстонию за 95 дней до конца паспорта. На 90 дней пересекал внутри ес границу, на таможне сказали смотрите у вас паспорт скоро аля улю и пропустили без вопросов. Возвращался домой через эстонию на 87 дней до конца паспорта. Ноль вопросов.