Оплачивала с кредитной карты билеты на самолет. Рейс отменили. Будет возврат средств. Получается деньги придут опять на кредитную. А здесь можно, чтоб собственные средства на кредитной были?

Конечно! Здесь деньги не на карте, они на счету. А карта- просто способ расплачиваться ими. С кредитной карты они списываются раз в месяц. Если собственных средств не будет, а расходы будут, то с вас спишут повышенную комиссию.