Кто-нибудь выезжал из Израиля по паспорту России при наличии действующего даркона? Или например даркон был выдан, но утерян.

Насколько я знаю, граждане Израиля могут выезжают по любым документам (другим иностранным паспортам) Вам надо предъявить документ о том, что вы гражданин Израиля (теудат зеут, «старый» даркон и т. д.) Если даркон действующий, то конечно, могут возникнуть вопросы почему вы выезжаете не по нему.