Я правильно понимаю, что с шенгенским длинным мультом можно 90 дней пребывать в шенгенской стране, потом 90 на Кипре, и ещё 90 в Болгарии?

Правильно, и + еще в Румынии 90.

Если есть мульти шенген, то поехать на Кипр и в Болгарию вы можете, если ещё не истратили 90 дней пребывания в шенгене, как я понимаю. Т. е. дни пребывания в Болгарии и на Кипре тратиться из шенгена не будут, но приехать туда надо, если ещё не использовали все 90 дней в шенгене. Причём, Болгария теперь пускает с шенгеном, только после посещения страны шенгена, выдавшую визу. Поэтому, ехать можно Кипр 90- шенген