Подскажите пожалуйста может ли работодатель в Литве забирать внж(I'd карты) у только приехавших граждан Узбекистана?

Если забрал и не отдаёт, то это подозрительно. Забрать могут для заполнения документов о приёме на работу или чтобы сделать копию. Id-карта (ВНЖ) должна находиться у гражданина, чей портрет на карте .

Нет конечно. Это же ваше основание законного пребывания на территории Евросоюза. Вы его должны наоборот носить с собой всегда, вместо паспорта.