Вопрос такой , я гражданка РФ , парень гражданин Молдовы , может ли прилететь в Москву по молдавскому паспорту ?

Может.

Может , но пусть настроится что в аэропорту его отведут в кабинет и могут продержать час если не больше, лично я час был А были люди которые и 15 минут и 3 часа сидели.