Если в Стамбуле пересадка 3ч. 40 мин., хватит ли этого времени, чтобы получить и заново сдать багаж на другой рейс?

Точно да. Если один аэропорт.

Зарегистрируйтесь онлайн на следующий самолёт и получите мобильный посадочный. Тогда не нужно будет выходить и забирать багаж. Пойдете сразу в транзитную зону.

Если в одном аэропорту, то за глаза.