Если при возвращении в РФ уведомить о втором гражданстве через почту, и почти сразу выехать, например через шенген, то уведомление же еще не дойдет - проблемы будут на границе?

На границе это не проверяют.

Проблемы на границе могут быть только в том случае, если вы в базе "невыездных".

Это не имеет значения, потому что ваша обязанность- уведомить, о выполнении вами этой обязанности свидетельствует отрывная часть уведомления, которую вы получаете при отправке на почте. Не имеет значения, что происходит после отправки, если у вас есть эта самая отрывная часть:)