Подскажите, пожалуйста, нужно ли при заполнении ITA указывать родителя ребёнка, если он лишён родительских прав? Входит ли он тогда в список родителей?

Если ребенка усыновили/удочерили и в свидетельстве теперь указан другой отец, то можно не указывать. Если указан биологический, то надо указывать. Все остальное объяснить в LoE.