Подскажите по подтверждению опыта работы для получения визы в Канаду: Мои 2 полных года были во время учебы в магистратуре.

Если это не канадский опыт, то все ок, он засчитывается. В LoE можете написать, как удавалось совмещать. Например, свободное посещение лекций и т. п. Но и без таких объяснений опыт засчитывали.