Должны репатриироваться в Израиль с женой, визы уже получены, если я в итоге поедут один, к чему стоит готовиться?

Если ваша жена не имеет самосточтельного права на репатриацию, то к ней могут возникнуть вопросы в мвд. И еще тут обычно счет открывают один на семью, могут быть сложности потом (если жена приедет). Она не собирается лететь совсем?

Лучше вам поехать вместе, а потом ей вернуться.

Если она не получит гражданство в течении действия визы потом это будет очень сложно и проблемно.