Скоро я получу ID карту ВНЖ Литвы на 2 года но с условием что я буду работать в одном месте (так говорят) если я как получу и поеду в Литву и там поработаю в этом организации 3 месяца потом могу работать в другой организации? или нельзя так ?

Нет не сможете, вам нужно будет делать новый внж от другой органищации, если вы проработаете три мес и уйдете в другую, то тот работалатель анулирует внж ваш, вам нужно будет чтобы новый работодатель которому уйдете делал вам быстро новый внж и только потом уходить.